زمان برگزاری
۱۱ تا ۱۳ اسفند ۹۵
محل برگزاری
مشهد، احمدآباد، بلوار رضا، بین رضا ۱۲ و ۱۴ (نبش ۱۲) پلاک ۱۲۹ طبقه ۴ - مرکز پیشگیری سرطان نسترن
هزینه کارگاه
۴۰۰،۰۰۰ تومان
ثبت نام
لطفا پس از واریز وجه فرم ثبت نام را تکمیل کنید.
شماره کارت : 5022291023849118
بانک پاسارگاد - امیر جبلی
با توجه به محدود بودن ظرفیت کارگاه پیش از واریز وجه با شماره ۰۹۰۲۲۰۲۲۲۶۴ تماس بگیرید.
مباحث کارگاه
روز اول
- معرفی ابزار‌های ضروری بیوانفورماتیک و فایل‌های مرتبط با آن
- پلت فرم‌های NGS و آشنایی با مفاهیم تئوری RNA-Seq
- آشنایی با خط فرمان لینوکس و دستورات مهم در آن
- ترکیب فرمان‌های لینوکس با هم و آشنایی با مفهوم pipe و redirection در خط فرمان
- فرمت‌فایل‌های بیوانفورماتیک (FASTQ, BED, VCF) و معرفی دیتابیس‌ها (UCSC, ENSEMBL)
روز دوم
- فایل خام توالی (FASTQ)
- پیش پردازش فایل‌های خام (Quality control with FASTQC) و حذف آداپتور‌ها و فیلتر کیفیت
- نقشه برداری (Read mapping) خوانش‌ها
- بررسی فایل خروجی (SAM/BAM FORMATS)
- SAMTOOLS
- Visualization of mapped reads (IGV, UCSC)
- معرفی R و آشنایی با دستورات پایه‌ای مورد نیاز RNA-Seq data analysis
روز سوم
- معرفی Bioconductor در R
- بررسی بیان ژن به کمک پكيج DESeq در R
- تفسیر و آنالیز نتایج بدست آمده
اولین کارگاه NGS برگزار شده در تاریخ ۱۷ تا ۱۹ شهریور ۹۵
دومین کارگاه NGS برگزار شده در تاریخ ۲۸ تا ۳۰ مهر ۹۵
سومین کارگاه NGS برگزار شده در تاریخ ۳ تا ۵ آذر ۹۵ با همکاری مرکز پیشگیری سرطان نسترن
